Translational research

Identification of a tumour immune barrier in the HCC microenvironment that determines the efficacy of immunotherapy

anti-PD-1 치료를 받은 간암(HCC) 환자에서 면역체크포인트 차단제의 효능과 연관된 종양면역장벽(Tumor Immune Barrier; TIB)이라고 하는 종양미세환경(TME)의 특정 공간 구조를 식별한 연구 TIB는 종양 경계 근처에 위치한 SPP1+ 대식세포와 암 관련 섬유아세포(CAFs)로 구성됨 종양세포들, SPP1+ 대식세포, CAFs의 리간드-수용체 네트워크를 해부함 저산소 미세환경이 SPP1 발현을 촉진하고, SPP1+ 대식세포가 CAF와 상호작용하여 세포외기질 리모델링 자극하고, TIB 구조 형성을 촉진하여, 결국 종양 중심으로의 면역 세포의 침윤(infiltration)을 제한함 마우스 전임상연구에서 SPP1 차단 또는 SPP1의 대식세포 특정 결실이 CAF 침윤 감소 및 세포독성..

중개연구트렌드 2023. 4. 11. 14:06

리눅스 접속이력

로그인 시도 ip 확인 ls /var/log/secure | xargs grep -E "[[:digit:]]+.[[:digit:]]+.[[:digit:]]+.[[:digit:]]+" -o | sort | uniq 로그인 시도 ip와 id 확인 last -f /var/log/btmp | more 로그인 성공한 ip 목록 cat /var/log/secure* | grep "Accepted" | awk '{print $9"\t"$11"\t"$14}' | sort | uniq

설치_실행/CentOS 2022. 6. 30. 00:07

route

eg: ip = 122.122.12.13 ip 차단 route add -host ip reject ip 차단 해제 route del -host ip reject

설치_실행/CentOS 2022. 6. 30. 00:03

convert ipynb to markdown

jupyter nbconvert --to markdown jupyter.ipynb

Bioinformatics 2022. 4. 8. 16:24

library(reticulate)

library(reticulate) system("source virtual_path/bin/activate") system("which python") reticulate::py_config() path_to_python = "virtual_path/bin/python3" reticulate::use_python(path_to_python, required = T)

설치_실행/R 2022. 3. 24. 17:33

staintools

staintools 설치하기 위해서는 spams 설치 필요 ## spams install에 dependent sudo yum install atlas-devel lapack-devel blas-devel libgfortran ## solution for ModuleNotFoundError: No module named '_ctypes' sudo yum install libffi-devel ## spams install (not pip) git clone https://github.com/getspams/spams-python cd spams-python pip3 install -e . ## staintools pip3 install staintools import staintools

설치_실행/python 2022. 3. 19. 20:47

convert h5ad to/from seurat object

package : scDior, SeuratDisk, sceasy * scDior https://github.com/JiekaiLab/scDIOR GitHub - JiekaiLab/scDIOR: scDIOR: Single cell data IO softwaRe scDIOR: Single cell data IO softwaRe. Contribute to JiekaiLab/scDIOR development by creating an account on GitHub. github.com * SeuratDisk https://mojaveazure.github.io/seurat-disk/articles/convert-anndata.html Conversions: h5Seurat and AnnData SeuratD..

Bioinformatics 2022. 3. 5. 05:51

package 관련 환경설정

package 설치 directory .libPaths() 설치가 안되는 경우 libPaths 확인해 볼 것 package 버전 확인 packageVersion(package)

설치_실행/R 2022. 2. 14. 15:14