Translational research

jupyter nbconvert --to markdown jupyter.ipynb

Bioinformatics 2022. 4. 8. 16:24

package : scDior, SeuratDisk, sceasy * scDior https://github.com/JiekaiLab/scDIOR GitHub - JiekaiLab/scDIOR: scDIOR: Single cell data IO softwaRe scDIOR: Single cell data IO softwaRe. Contribute to JiekaiLab/scDIOR development by creating an account on GitHub. github.com * SeuratDisk https://mojaveazure.github.io/seurat-disk/articles/convert-anndata.html Conversions: h5Seurat and AnnData SeuratD..

Bioinformatics 2022. 3. 5. 05:51

단일세포 수준에서의 데이터로 세포 유형을 확인하는 작업은 single-cell RNA-seq과 spatial transcriptome 분야에서 가장 먼저 하는 작업인데요. 특히, 암을 연구하는 분야에서는 종양 및 주변 미세환경에 존재하는 면역세포와 비면역세포의 (위치) 확인과 양을 확인하는 것이 첫번째로 수행되는 일이죠. 싱글셀 해상도에서 시퀀싱을 한다는 건 흥미 있는 세포들 (예를 들면 종양) 주변에 어떤 세포들이 얼마나 존재하면서 어떤 영향을 줄지 단일세포 수준에서 샅샅히 파헤쳐 보겠다는 의미를 담고 있죠. 이미 Bulk RNA-seq 데이터로 이러한 작업들이 많이 진행이 됐고, 여기서 Bulk RNA-seq을 사용해 개발된 툴에 대해서 정리해보고자 해요. Bulk RNA-seq은 싱글셀 시퀀싱보다 ..

Bioinformatics 2022. 1. 26. 02:03